数年ぶりに楽器のケースを開けたら、銀メッキの楽器は黒ずみ、金メッキの楽器は赤茶の斑点がたくさん出来ていました。

暫くぶりでなくても、普段でもこういった症状はよくあると思います。
特に湿度の高い日本では楽器の傷みもヨーロッパなどに比べると早いようです。
まず楽器をケースにしまう前に指紋をよく拭き取りましょう。そして、保護袋に入れてしまうと良いでしょう。
保護袋も購入時に付いている物ではなく、銀の繊維が織り込んであるものが良いようです。
私は山野楽器ウィンドクルーさんの保護袋を使用しております。
値段は多分￥2000～￥3000程度だったと思います。是非、試してみてください。